Ditinjau dari segi sejarah, sesungguhnya Departemen Biokimia bukan merupakan departemen baru di IPB karena departemen ini telah ada sejak awal berdirinya IPB. Saat itu Departemen Biokimia berada di bawah administrasi Fakultas Kedokteran Hewan (FKH). Tugasnya menyelenggarakan pendidikan biokimia, baik untuk mahasiswa FKH maupun mahasiswa S1 dari beberapa jurusan lain di IPB seperti Jurusan Teknologi Pangan & Gizi (Fakultas Teknologi & Mekanisasi Pertanian), Jurusan Gizi Masyarakat (Fakultas Pertanian), dan Fakultas Peternakan. Pada jenjang pascasarjana, pengalaman mengelola program S2 telah dimulai semenjak tahun 1978 sebagai Subprogram Biokimia di bawah Program Studi Biologi Sekolah Pascasarjana IPB. Selanjutnya pada tahun 1980 Subprogram Biokimia ini mulai membuka Program Doktor (S3).
Adanya penataan unit kerja di IPB pada tahun 1980-an, maka Departemen Biokimia FKH dilebur dengan Bagian Kimia Departemen IPA Fakultas Pertanian menjadi Jurusan Kimia (SK Mendikbud No. 0546 tanggal 8 Desember 1983). Pada awalnya para dosen biokimia melayani perkuliahan bagi berbagai program studi/jurusan di IPB yang memerlukan biokimia sebagai mata ajaran dasar, baik jenjang S1 maupun di jenjang pascasarjana. Baru kemudian pada tahun 1988/1989 Jurusan Kimia membuka Program Studi Kimia S1 yang juga memasukkan mata ajaran biokimia di dalam kurikulumnya dan Laboratorium Biokimia bertanggung jawab atas pelayanan berbagai mata kuliah pilihan biokimia bagi mahasiswa S1 Kimia dengan minat penelitian biokimia .
Pada pertengahan tahun 1990an, kembalinya beberapa staf pengajar biokimia dari tugas belajar S2/S3 di luar negeri (Amerika Serikat, Perancis, Australia) menunjang berkembangnya biokimia sebagai suatu unit keilmuan di IPB. Apalagi beberapa tahun sebelumnya juga telah disepakati oleh para pakar ilmu biokimia mengenai perlunya disiplin ilmu biokimia di IPB sebagai basis untuk mengembangkan kompetensi ilmu pertanian. 1. Atas dasar tingginya minat mahasiswa dan kualifikasi staf yang cukup memadai tersebut, ditambah lagi untuk mengantisipasi perkembangan bidang iptek di Indonesia maupun di dunia yang memasuki era bioteknologi di abad ke-21 ini, maka pada tahun 1997 unit kerja Biokimia pada Jurusan Kimia FMIPA IPB mengajukan proposal pembentukan Program Studi (PS) Biokimia jenjang S1 dan S2 kepada Lembaga Pengkajian Pengembangan Pendidikan (LP3)-IPB. Proposal tersebut terealisasi dengan diterimanya mahasiswa angkatan I untuk PS Biokimia Jenjang S1 pada tahun ajaran 1999/2000. Berdirinya PS Biokimia S1 ini disahkan oleh SK Rektor IPB no. 180/K13.12.1/PP/2001 sambil menunggu pendaftarannya di Dirjen DIKTI. Secara resmi nama PS Biokimia S1 tertera pada lembar penjaringan mahasiswa baru IPB jalur USMI untuk tahun penerimaan mahasiswa 2000/2001. Pada penerimaan mahasiswa baru tahun 2001/2002 PS Biokimia S1 mulai menerima calon mahasiswa yang berasal dari jalur SPMB 2. Ada pun PS Biokimia S2 mulai dibuka pada tahun ajaran 2000/2001 dan menerima mahasiswa dari kalangan akademik maupun praktisi.
Hingga akhir tahun 2004, Program Studi Biokimia secara organisasi diselenggarakan oleh Unit Kerja Biokimia yang berinduk kepada Jurusan Kimia di bawah Fakultas MIPA IPB. Secara administrasi kepegawaian, koordinasi oleh Ketua Departemen Kimia dilakukan melalui Ketua Unit Kerja Biokimia yang berperan sebagai Ketua Laboratorium Keilmuan. Ada pun pengelolaan program studi dilaksanakan oleh Ketua dan Sekretaris Program Studi Biokimia yang bertindak sebagai komisi pendidikan dan bertanggung jawab atas penyelenggaraan kegiatan akademik 3. Tidak adanya koordinasi yang jelas antara Ketua Unit Kerja dan Ketua Program Studi menyebabkan kegiatan di dalam program studi pada masa itu kurang terarah dan berjalan sendiri-sendiri. Peran Ketua Jurusan Kimia yang terbatas karena dana yang terbatas serta berbagai kesibukan juga berdampak pada terhambatnya pengembangan unit Biokimia dari segi fasilitas pendidikannya serta menurunkan motivasi para staf pengajarnya untuk berkiprah di dalam unit kerjanya. Beberapa hal penting terkait dengan penyelenggaraan program studi luput ditindaklanjuti, di antaranya yang sangat penting adalah pendaftaran untuk pendirian dan status akreditasi program studi belum sempat diproses lebih jauh.
Dalam rangka penataan organisasi dan departemen di IPB, pada tahun 2005 Program Studi Biokimia dikembangkan menjadi salah satu departemen baru di IPB. Dengan sistem organisasi yang baru itu, Departemen Biokimia masuk ke dalam sistem SADAR yang diterapkan oleh IPB, yaitu sentralisasi kegiatan administrasi di kantor pusat dan desentralisasi akademik dan riset di departemen (dan pusat studi). Dalam kerangka itu departemen diharapkan dapat menjadi ujung tombak penyelenggaraan akademik dan riset. Oleh karena itu, Ketua Departemen, yang dicalonkan dan dipilih melalui pemilihan di tingkat departemen, mau pun Sekretaris Departemen, yang diajukan oleh Ketua Departemen, bertanggung jawab kepada Rektor atas penyelenggaraan seluruh kegiatan tridarma perguruan tinggi yang telah direncanakan dan dicantumkan dalam dokumen Rencana Kerja dan Anggaran Tahunan (RKAT) Departemen. Ada pun kegiatan administrasi lainnya tetap dilakukan berjenjang dan berkoordinasi dengan Fakultas. Sistem organisasi IPB yang baru ini diharapkan antara lain: akan dapat mengembangkan IPB yang berorientasi pada hasil, dapat mendayagunakan sumber daya yang dimiliki semaksimal mungkin, dapat meningkatkan produktivitas sumber daya manusianya, serta responsif terhadap kebutuhan internal maupun eksternal.
Berdasarkan SK Rektor IPB No. 001/K13/PP/2005 tentang penataan organisasi di lingkungan IPB, maka tahun 2005 berangsur-angsur pengelolaan program studi (S1 dan S2) Biokimia ditangani oleh Departemen Biokimia yang juga menginduk ke Fakultas MIPA. Oleh karena itu, melalui departemen yang baru akan segera diusahakan pengurusan status akreditasi bagi Program Studi Biokimia baik jenjang S1 maupun S2.