Departemen Biokimia IPB University menyelenggarakan kuliah umum bersama Alice Russell dari Museum National of the History, Paris, yang dilaksanakan pada hari senin 27 Juli 2026 dengan membahas penerapan GATK (Genome Analysis Toolkit) pipeline untuk analisis whole genome sequencing. Materi menitikberatkan pada pengalaman praktis selama penelitian doktoralnya, mulai dari pemrosesan berkas FASTQ, alignment menggunakan BWA, post-alignment processing, base quality score recalibration (BQSR), hingga variant calling dan penyaringan (filtering) varian.

Alice menekankan pentingnya memvalidasi hasil pada setiap tahapan analisis, memahami fungsi setiap alat yang digunakan, serta menyesuaikan pipeline dengan karakteristik data. Ia juga menjelaskan tantangan dalam bekerja dengan organisme non-model yang memiliki referensi genom terbatas serta membandingkan beberapa metode penggabungan GVCF dan penyaringan VCF. Selain itu, ia mengkritisi dokumentasi GATK yang sebagian sudah usang dan kurang konsisten sehingga memerlukan kehati-hatian dalam penggunaannya.

Pada sesi diskusi, peserta membahas penggunaan genom referensi, proses kalibrasi kualitas basa, serta alternatif perangkat lunak pendukung. Kuliah ditutup dengan pesan kepada peserta untuk rajin mempelajari dokumentasi resmi, memanfaatkan sumber belajar daring, serta menggunakan kecerdasan buatan secara bijak sebagai alat bantu, bukan sebagai pengganti pemahaman konsep.