Di Asia Tenggara, program studi Biokimia hanya dijumpai satu-satunya pada Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Institut Pertanian Bogor (FMIPA IPB). Biokimia sendiri merupakan salah satu program studi termuda di Indonesia yang baru hadir pada tahun 1999/2000 silam. Hadirnya Biokimia di IPB tak lain disebabkan oleh meningkatnya ketertarikan masyarakat ilmiah serta calon mahasiswa akan suatu subjek yang boleh dibilang sebagai turunan dari subjek umum Kimia.
Departemen Biokimia IPB (terakreditasi A) awalnya hanya sebuah subprogram yang menjadi salah satu mata kuliah wajib mahasiswa Departemen Biologi dan Kimia, selain juga menjadi mata kuliah tambahan bagi mahasiswa dari fakultas lainnya. Namun pada tahun 1988/1989, sebab kebutuhan masing-masing fakultas akan penelitian banyak terpusat pada subbab Biokimia ini, maka dibangunlah laboratorium Sub-departemen Biokimia. Kemudian seiring dengan berkembangnya minat dan makin banyaknya penelitian yang dikembangkan dalam laboratorium tersebut, pada tahun 1999/2000 Departemen Biokimia dibangun di bawah naungan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) sesuai dengan SK Rektor IPB N. 180/K13.12.1/PP/2001.